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Le golfe de Tadjoura est orienté selon un axe qui va du nord-est vers le sud-est. Il est prolongé par le Ghoubbet El Kharab.
De l'entrée du golf (Ras Bir) jusqu'au fond du Ghoubbet, on a environ 80 km, pour une largeur de 45 km (de Ras Bir à Djibouti).
Sa profondeur est variable selon les endroits (de 940 m à l'entrée à 45m à la passe du Ghoubbet).

Le golfe de Tadjoura est entouré de massifs montagneux (monts Mabla, Goda, Arta et le Hémed). Ces montagnes descendent par des pentes rapides jusqu'à la mer, parfois sous la forme de hautes falaises.